Microplankton biomass and diversity in the Vietnamese upwelling area during SW Monsoon under normal conditions and after an ENSO event

Microplankton biomass and diversity in the Vietnamese upwelling area during SW Monsoon under normal conditions and after an ENSO event

Natalie Loick-Wildea, Deniz Bombara, b, Hai Nhu Doanc, Lam Ngoc Nguyenc, Anh Mai Nguyen-Thic, Maren Vossa, Joachim W. Dippnera
a Leibniz-Institute for Baltic Sea Research Warnemünde, FR, Germany
b University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark
c Institute of Oceanography, VAST, Viet Nam
Received 10 February 2016, Accepted 5 April 2017, Available online 6 April 2017

Investigating microplankton biomass and diversity under different climatological conditions is key to the understanding of cascading effects of climate change on nutrient cycles and biological productivity. Here we have used data collected during two contrasting summers along the coast of Viet Nam to show how climatological-driven changes can have a significant influence on the distribution of microplankton communities and their biomass via its impact on nutrient concentrations in the water column. The first summer in July 2003 followed a weak El-Nino Southern Oscillation (ENSO) event and was characterized by weak coastal upwelling, in the second summer during July 2004, upwelling was normal.

Very low silicate (SiO4) concentrations and SiO4:DIN ratios characterized the source water mass for upwelling in July 2004, and dynamic SiO4 to dissolved inorganic nitrogen ratios (SiO4:DIN) mainly below the Redfield-Brzezinski ratio and DIN to phosphate ratios (DIN:PO43-) below the Redfield ratio were a common feature off Viet Nam. Much higher particle concentrations and PSi/PC ratios during normal upwelling revealed major changes in the micro-plankton community structure among summers. Small dinoflagellates (10-20 µm) prevailed ubiquitously during reduced upwelling. During normal upwelling, the diatom Rhizosolenia sp. dominated the cell-carbon biomass in the silicate poor upwelling waters. Trichodesmium erythraeum dominated in the Mekong-influenced and nutrient depleted offshore waters, where it co-occurred with Rhizosolenia sp. Both species were directly associated with the much higher primary production (PP) and N2 fixation rates that were quantified in earlier studies, as well as with much higher diversities at these offshore sites. Along the coast, the correlation between Rhizosolenia sp. and PP rates was less clear and the factors regulating the biomass of Rhizosolenia sp. in the upwelling waters are discussed. The very low silicate concentrations in the source water mass for upwelling and the offshore deflection of the Mekong river plume likely triggered the observed ecological differences in the microplankton communities off Viet Nam in the normal upwelling season compared to the post ENSO conditions.

Full text: Click here


Species diversity of sections conica and tabulata in the genus Protoperidinium (Dinophyceae) from tropical waters of the South China Sea

Species diversity of sections conica and tabulata in the genus Protoperidinium (Dinophyceae) from tropical waters of the South China Sea

Phan-Tan, Luom; Nguyen-Ngoc, Lam; Doan-Nhu, Hai
Nova Hedwigia Band 103 Heft 3-4 (2016), p. 515 - 545 published: Nov 1, 2016
DOI: 10.1127/nova_hedwigia/2016/0369

About 600 phytoplankton samples were collected from Vietnamese coastal waters including around the Spratly Islands. Cell morphology and shapes of apical plates (1′), intercalary plates (2a), and other plate patterns were squashed and photographed to support species identification. Fourteen species of the sections conica and tabulata in the genus Protoperidinium were described, among them 8 species including P. decollatum, P. laciniosum, P. rhombiforme, P. symmetricum and P. tohrui (conica section); these are the first reports of P. balechii, P. nudum, P. punctulatum (tabulata section) among the tropical phytoplankton flora of the South China Sea.

Full text: Click here


Species diversity of Protoperidinium sect. Oceanica in Vietnamese waters, with description of the new species P. larsenii sp. nov.

Species diversity of Protoperidinium sect. Oceanica (Dinophyceae, Peridiniales) in Vietnamese waters, with description of the new species P. larsenii sp. nov.

Phan, Luom; Nguyen, Lam; Doan, Hai; Larsen, Jacob; Raine, Robin

First published: 23 March 2017
Published by Wiley Online Library
DOI: 10.1111/njb.01230

Protoperidinium is one of the most important genera of armoured marine dinoflagellates. Despite its importance and many previous studies on this genus, the descriptions of many species are incomplete, their diagnostic features not properly described and illustrated and most species have been illustrated, if at all, only by line drawings and not documented by micro-photography. As here described, examinations of about 600 phytoplankton net samples collected from Viet Nam and adjacent coastal waters over the last decade revealed about 100 species of Protoperidinium, ten of which belong to the section Oceanica and this paper is the first in a series describing all species of Protoperidinium found in Vietnamese waters. The Oceanica species are described and illustrated by light, and for some also by scanning electron, microscopy. The species are: Protoperidinium claudicans, P. depressum, P. depressum var. claudicanoides, P. larsenii sp. nov., P. murrayi, P. oceanicum f. bisintercalares comb. nov., P. oceanicum var. tenellum comb. nov., P. paraoblongum, P. venustum and P. venustum var. facetum. Protoperidinium larsenii L. Phan Tan, L. Nguyen-Ngoc, and H. Doan-Nhu is new to science. It was found in the coastal waters of Rach Gia in Kien Giang Province, western part of south Viet Nam (Gulf of Thailand). The new species is characterized by its broad shape, conical epitheca and short, non-divergent antapical horns; the 1’ plate is asymmetrical, there are 3 anterior intercalary plates, the 2a plate is quadrangular; and the sutures connecting the 6” plate with the 4’ plate and the 7” form an almost straight line. By these features P. larsenii differs from the similar species P. claudicans and P. latidorsale. Protoperidinium oceanicum (Vanh ffen) Balech () f. bisintercalares (Graham) H. Doan-Nhu, L. Phan-Tan, L. Nguyen-Ngoc, and J. Larsen comb. nov. and Protoperidinium oceanicum (Vanh ffen) Balech () var. tenellum (Graham) L. Nguyen-Ngoc, L. Phan-Tan, H. Doan-Nhu and J. Larsen comb. nov. are two new combinations.

Get Full text:

Red Tide

Dự án HabVIET

HABViet Project
1999-2001, 2001-2004, and 2005-2008

Background: Almost 100 algal species are now known or suspected to produce toxins, and both the frequency, intensity, and geographical distribution of the harmful algal blooms (HAB) appear to have increased over the last few decades. Many blooms have severe ecological and socio-economic impact as they may cause damage or be fatal to other flora and fauna including human beings. Five human syn-dromes are presently caused by consumption of seafood contaminated by algal toxins, and particularly paralytic shellfish poisoning (PSP) which can be fatal to humans, and ciguatera are widespread in the tropics. Algal toxins accumulated in seafood products are not destroyed by cooking. In addition to serious health risks associated with the consumption of contaminated seafood, some toxic algal species produce hemolytic toxins with devastating effects on fish, both in the wild and in aquacultures with major economic losses for the aquaculture industry. Monitoring and control of  algal toxins in seafood is now recognized as an important issue by the authorities in most countries including Vietnam.

In the recent years, seafood has been the third- fourth most important trade export product, and the value is expected to increase even further according to the Vietnamese Ministry of Fisheries. Artisanal mussel fishery and large scale aquaculture for export markets is particularly important in the Southern Provinces of Vietnam, where there is a long tradition for exploiting species such as e.g. Chlamys nobilis, Modiolus philippinus, and Meretrix lyrata. Molluscs represent a possible growth industry and major export markets include Thailand, Singapore, Japan and the EU.
Vietnam has high priority national plans for the development of the aquaculture industry. The Vietnamese Ministry of Fisheries (MOFI) is developing the aqua-culture sector through the newly established National Fisheries Extension Centre. Three Danida funded initiatives are contributing to this strategy. One of them is SEAQIP, the Seafood Quality Improvement Project within the National Fisheries Inspection and Quality Assurance Centre (NAFIQACEN), through which the monitoring system for bivavles was established. Until recently, the lack of appropriate monitoring programmes, including monitoring of harmful algae, to control the safety of the seafood products called a closure upon export to the EU. In the spring of 2000 the monitoring programme established with Danish support by NAFIQACEN, was approved by the EU and the export has now been resumed. NAFIQACEN staff attended training courses in Vietnam and Denmark, and participated in the training activities organized during Phase I of HABViet.
Support for Brackish Water and Marine Aqua culture (SUMA) is one of the elements of the larger Fisheries Sector Programme Support established between Vietnam and Denmark. The strong focus on development of aqua culture makes it foreseeable that there will be a future demand for scientific experts in harmful algae for both research and monitoring purposes. MOFI has very recently appointed NIO to monitor for toxic algae in the Binh Tuan Province on behalf of Hai Nam Co. Ltd. The Company wishes to introduce a new bivalve species, Argopecten irradias, from China to replace the decreasing stocks of the traditionally exploited species Chlamys nobilis, and the monitoring is a requirement to the company before introduction of the new crop species in Binh Thuan waters is permitted. Hai Nam Co. Ltd. is receiving DANIDA support to improve sea food processing techniques.

International or regional organizations are also conducting activities on, or in relation to, harmful algae and algal toxins in Vietnam and South East Asia, e.g. under the Asian-Pacific Economic Cooperation (APEC). The activities are in their beginning only, but a regional network of institutions is planned in order to establish common regulations and analysis procedures for  seafood safety and algal toxins respectively. NIO is also part of the ASEAN Red Tide Alert Network. In 1999 a cooperation agreement between UNESCO and Vietnam was established, and this identifies as a priority specialized training for scientists in the prevention of harmful algal blooms.
Harmful algae is not only a problem in relation to fisheries resources, but also to the exploitation of surface water reservoirs as drinking water. Blooms of cyanobacteria occur widespread in both temperate and tropical freshwater. These algae may produce both neuro- and hepatotoxins, and the cyanobacterial toxins are now recognized by the environmental authorities in many countries as a human health issue. According to Institute of Tropical Biology, HCMC, 70% of the population of HCMC and surroundings (approx. 8 mill. people) receive their drinking water supply from 3 large freshwater reservoirs. The presence of cyanobacterial toxins in drinking water in Vietnam has not yet been investigated, but cyanobacteria blooms have been recorded in the reservoirs around HCMC.

HABViet Project, Phase 1 1999-2001
During phase I, the involved scientists of all partner institutions have obtained a thorough taxonomic knowledge of harmful algae. With this background, It is planned during phase II to develop different expertise at the different institutions depending on their research interests, capacity, and relevance to a sustainable development and exploitation of natural resources (aqua culture and drinking water). The focus will be as follows:

1) NIO is the national focal point for HAB studies, taxonomy is further strengthened with focus on naked flagellates and dinoflagellates, toxicological and ecological studies are initiated during Phase II. The HABViet Project will continue to enhance the ability of NIO in providing data to the regional APEC and ASEAN network and to interact better with colleagues in the surrounding countries.
2) HIO will focus on further development of the taxonomic expertise in order to function as HAB expert centre for the northern part of the country.
3) ITB will maintain the expertise in identification of harmful diatoms together with HUS. ITB will carry out a pilot project to survey the occurrence of potentially toxic blue-green algae in freshwater reservoirs.
4) HUS will cooperate with ITB on identification of harmful diatoms, but focus on curriculum building with emphasis on HAB. Strengthening of the teaching capacity in Hue will enhance the possibilities of educating HAB experts nationally.


HABViet Project, Phase 2 2002-2005
Research strategy, work plan and schedule for activities

Research strategy. The strategy for Phase II will focus on three themes: 1) Survey and Autecological studies. 2) Long term capacity building. 3) Dissemination of results and public awareness.

The coastal waters at the border of the Nghe An – Ha Tinh Provinces and Kien Giang Province will be surveyed for the occurrence, distribution and abundance of potentially toxic algal species. The areas have been identified by the Vietnamese Ministry of Fisheries and the Danish Fisheries Sector Programme/SUMA for near future aqua culture development. The sampling programme will be linked to existing environmental monitoring programmes and to other investigations carried out by NAFIQACEN to assess the potential for aqua culture in the selected areas. The result of the surveys may be used as a tool in future development of a sustainable aqua culture industry. The harmful species encountered during the survey will be isolated into cultures where possible. This will allow detailed autecological studies including toxicity of selected algal species, and toxin accumulation and de-toxification of shellfish. Phase II will also encompass a pilot survey of potentially toxic cyanobacteria in drinking water reservoirs around HCMC. The tools and expertise for this has been partly established during Phase I, and might generate potential for a separate future research area for ITB.
Long term investment in teaching and research capacity within HAB and marine phytoplankton in general botany will be addressed through an upgrading of the teaching facilities at HUS combined with a cooperation agreement between HUS and NIO concerning a PhD programme. The teaching laboratories at HUS will be renovated and supplied with modern equipment. The participating research laboratories which were not upgraded with research equipment in Phase I will be so during Phase II. This will also include a continued up-grading of the existing library facilities with a selection of classical and modern literature on phytoplankton and toxic algae.
Phase II will also pay attention to dissemination of results to the public. It is proposed to prepare an exhibition on marine plankton including harmful algae, their ecological role, and related research at NIO as part of the permanent exhibition at the National Oceanographic Museum at NIO. The target group is school children, students, the general public, and tourists. The museum has more than 120.000 visitors per year. The section presenting research activities at NIO addresses the significant number of  visiting scientists, administrators, politicians, international delegations, guests, etc. The text will be in Vietnamese and English (French to be considered if relevant). Agreement has been made between the NIO, PRP and Danmarks Akvarium for cooperation in the establishment of the new exhibit. The exhibition will be prepared in Vietnam by NIO staff and local artists.

Phase II thus consists of 3 activity modules:
Survey and Autecological studies, Phase II
* Survey of harmful marine microalgae in two areas identified for aquaculture developmen
* Autecological and toxicological studies of selected toxic algal species.
* Toxin accumulation and de-toxification of selected species of shellfish


Seasonal and spatial distribution of mesozooplankton in a tropical estuary, Nha Phu, South Central Viet Nam

Seasonal and spatial distribution of mesozooplankton in a tropical estuary, Nha Phu, South Central Viet Nam

Trinh Si-Hai Truong Cho Nguyen
Nguyen-Ngoc Lam
K. Thomas Jensen
Section Zoology

First Online: 15 November 2013
DOI: 10.2478/s11756-013-0289-9

Cite this article as:
Truong, T.SH., Nguyen, C., Lam, NN. et al. Biologia (2014) 69: 80. doi:10.2478/s11756-013-0289-9
This study provides a description of mesozooplankton (holo- and meroplankton) abundance, biomass and diversity patterns inside and outside a tropical estuary (Nha Phu Estuary, Khanh Hoa, Viet Nam). In total 185 zooplankton species have been recorded during the study period (2009–2010), copepods contribute with the largest share of species (more than 100), Tunicata with 20, Cnidaria with 17 and Chaetognatha with 9 species. At the most species rich site the number of zooplankton species varies between 55 and 123. The number of species and the annual variation in numbers declines towards the head of the estuary (14–37 species). In contrast, the highest numbers of individuals occur in the inner part of NPE. Calanoids that are the most abundant group of the copepods occur in densities up to 28.2 ind. L−1 (Aug. 9). At ‘Outer NPE’ and ‘Outside NPE’ the maximum density of calanoids is 5.8 and 10.7 ind. L−1, respectively. The declining diversity of zooplankton towards the head of the estuary is also supported by various indices (Shannon’s index, Margalef’s index). A cluster analysis on similarity of species supports a clustering of the inner NPE sites vs the other sites. There is a general separation between the dominant copepod species in the inner (Bestiola sp., Acartia pacifica, Pseudodiaptomus incisus) and outer (Paracalanus gracilis, Acrocalanus gibber, Subeucalanus subcrassus, Oithona rigida, Corycaeus andrewsi, Oithona plumifera) part of the estuary though a few species are common in both areas (Paracalanus crassirostris and Euterpina acutifrons). The zooplankton community at the inner NPE is subjected to more variable hydrographic conditions (salinity in particular) than the communities at the other sites where more stable conditions prevail. A short residence time in the inner part of the estuary due to the tide is supposed to impede a strong horizontal structuring of the zooplankton community.
Key words
abundance biomass mesozooplankton tropical ria Nha Phu Estuary
Full text: Click here

Diễn đàn – Hội nghị Khoa học Quốc tế “Biển Đông 2017”

95 năm nghiên cứu khoa học biển (1922 – 2017)
Diễn đàn – Hội nghị Khoa học Quốc tế
“Biển Đông 2017”


Biển Đông là một trong những vùng biển có đa dạng sinh học cao nhất trên thế giới, có nguồn tài nguyên phong phú, đa dạng và là một vùng biển có ý nghĩa địa chính trị vô cùng quan trọng. Tuy nhiên, hiện nay Biển Đông đang đối mặt với những thách thức lớn, xuyên biên giới về môi trường và tài nguyên biển, không chỉ tác động đến vùng ven bờ mà cả vùng biển khơi. Vì vậy, các vấn đề trên đã và đang thu hút sự quan tâm nghiên cứu của không chỉ các nước xung quanh Biển Đông, những quốc gia phụ thuộc lớn vào nguồn lợi tự nhiên của vùng biển này, mà còn cả của các nước trong khu vực khác trên thế giới.
Trong suốt 95 năm hình thành và phát triển, hợp tác nghiên cứu khoa học cùng các đối tác trong và ngoài nước, Viện Hải dương học đã tiến hành hàng loạt nghiên cứu khảo sát, thu được những kiến thức khoa học to lớn về Biển Đông, góp phần đáng kể vào sự phát triển bền vững kinh tế biển và bảo tồn đa dạng sinh học và môi trường Biển Đông.
Hội nghị Khoa học Biển Đông được tổ chức lần đầu tiên vào năm 2000, lần thứ hai vào năm 2002, và sau đó lặp lại mỗi năm năm, là cơ hội để chúng ta nhìn lại các hoạt động nghiên cứu khoa học trên vùng biển Việt Nam và lân cận, là nơi để các nhà khoa học và quản lý gặp gỡ, trao đổi, thảo luận về các lĩnh vực khoa học biển và các vấn đề môi trường đang được quan tâm, và tăng cường hợp tác tương lai trong lĩnh vực khoa học biển trong khu vực. Cùng với sự phát triển của khoa học biển trong giai đoạn hội nhập quốc tế, từ 2007, Hội nghị Biển Đông được mở rộng hơn tới các nhà khoa học và quản lý quốc tế.
Nhân dịp kỷ niệm 95 năm ngày thành lập (14/9/1922 – 14/9/2017), Viện Hải dương học sẽ tổ chức Diễn đàn-Hội nghị Khoa học Quốc tế “Biển Đông 2017: Khoa học vì sự tăng trưởng xanh ở Biển Đông”, nhằm tổng kết các kết quả và thành tựu nghiên cứu khoa học về Biển Đông trong 05 năm qua, nâng cao kiến thức về khoa học biển và tăng cường hợp tác quốc tế hướng tới phát triển kinh tế biển xanh trong khu vực.

Đề Tài KC 09.03/06-10

Đề Tài KC 09.03/06-10: Nghiên cứu quá trình phát sinh thuỷ triều đỏ và sinh thái phát triển của các loài tảo độc hại ở một số vùng ven bờ đặc trưng và ảnh hưởng của chúng tới nguồn lợi hải sản.

Chủ nhiệm đề tài:
TS. Nguyễn Ngọc Lâm
Phòng Sinh vật phù du Biển
Viện Hải dương học
Tel: (058) 590 476-222 ; Fax: (058) 590 591; E-mail: [email protected]

Thời gian thực hiện: Từ tháng 4/2007 đến tháng 12/2009
Mục tiêu của đề tài:

  • Xác định được các đặc điểm phát sinh và lan truyền của hiện tượng thuỷ triều đỏ và các loài tảo độc hại ở một số vùng ven bờ đặc trưng;
  • Đánh giá được khả năng ảnh hưởng của các loài tảo độc hại tới nguồn lợi hải sản nuôi trồng và sinh thái phát triển của một số loài vi tảo có khả năng gây bùng phát thuỷ triều đỏ;
  • Đề xuất cho các cơ quan quản lý cụ thể các giải pháp quản lý, giám sát tảo độc hại trong môi trường tự nhiên và các vùng nuôi trồng thuỷ sản ven bờ, góp phần bảo vệ nguồn lợi hải sản và sức khoẻ cộng đồng.

Nội dung nhiệm vụ:

I. Các nội dung đã nghiên cứu và cần có điều tra bổ sung

Tổng quan các tài liệu lịch sử về các sự kiện tảo nở hoa hay Thủy triều đỏ và phân bố các loài vi tảo có khả năng sản sinh độc tố trong các thủy vực Việt Nam. Bao gồm 4 báo cáo chuyên đề
Hoàn chỉnh danh mục và mô tả chi tiết thành phần loài và sinh thái phân bố tự nhiên của các loài Tảo độc hại (bao gồm các loài sống nổi và sống đáy). Bao gồm 4 báo cáo chuyên đề

II. Các nội dung mới và quan trọng
Các điều kiện sinh học-hóa học-vật lý hải dương học liên quan tới quá trình phát sinh, phát triển của chúng tại các vùng nghiên cứu trọng điểm Ninh Thuận-Bình Thuận (số liệu lịch sử, dữ liệu ảnh vệ tinh và tư liệu mới của đề tài), làm cơ sở xây dựng mô hình phát triển của vi tảo và cảnh báo sớm (early warning) sự nở hoa (hay thủy triều đỏ).
Thử thiết kế thực nghiệm mesocosm xem xét vai trò của muối dinh dưỡng đến sự hình thành sự nở hoa làm cơ sở xây dựng mô hình dự báo.
Đánh giá được khả năng ảnh hưởng của tảo độc hại đến nguồn lợi hải sản không xương sống (invertebrates)
Sinh thái phát triển (autecology, chú ý đến sinh học phát triển quần thể và sản sinh độc tố) của một số loài vi tảo có khả năng sản sinh độc tố (ít nhất 20 trên tổng số 70 loài được biết).
Sử dụng ảnh vệ tinh kết hợp với những quan sát tại chỗ (in situ) về điều kiện sinh học (thực và động vật Phù du), hóa học (muối dinh dưỡng, chlorophyl) và vật lý (gió, dòng chảy tầng mặt, dòng triều) để có thể cho ra một cảnh báo sớm (early warning) làm giảm thiểu các tác hại của Thủy triều đỏ.
Các đề xuất, kiến nghị về quản lý, giám sát Thủy triều đỏ và tảo độc hại trong môi trường ven bờ, các hải đảo, về chính sách/qui định có liên quan đến sự an toàn chất lượng vệ sinh thực phẩm thuỷ sản, và bảo vệ sức khoẻ cộng đồng.
Phạm vi nghiên cứu

Hình 1: Các trạm thu mẫu trong vùng biển Quảng Trị với khoảng cách ước tính giữa các trạm thu mẫu. Mặt cắt dài khoảng 9,5 km.

Hình 2: Các trạm thu mẫu trong vùng biển ven bờ Bình Thuận. Mỗi mặt cắt dài 10km. Trạm 1 của các mặt cắt được tính từ bờ ở vị trí 0, trạm 4 của các mặt cắt cách vị trí 0 (trạm 1) 10 km.